В Інституті діє документально оформлена та впроваджена Система Вдосконалення Підприємства - інтегрована система менеджменту якості, менеджменту навколишнього середовища, менеджменту охорони здоров'я і управління гігієною та безпекою праці.
Система вдосконалення підприємства складається з взаємозв'язаних процесів, описаних у 66 внутрішніх стандартах Інституту.
У 2020 році ІТН успішно пройшов ресертифікаційні аудити та підтвердив якість своїх послуг, а також відповідність міжнародним стандартам ISO 9001:2015, ISO 14001:2015, ISO 45001:2015.
Система вдосконалення підприємства розповсюджується на проектну діяльність інституту.
Працездатність системи контролюється службою вдосконалення підприємства і постійно аналізується вищим керівництвом.